San Juan es una zona importante en hallazgos arqueológicos, algunos de los cuales la comunidad ha logrado concentrar en un pequeño museo perteneciente al pueblo, en el que se exhiben piezas del Posclásico tardío. La exhibición incluye soportes zoomorfos, vasijas, tejolotes, núcleos de obsidiana, figurillas antropomorfas, sellos y malacates. Este museo se fundó gracias a la donación de la colección del señor más Medina Villarruel, originario del lugar y quien falleció en el año de 2008. Tras la remodelación realizada en el año de 2007, el Museo Arqueológico de San Juan Ixtayopan fue rebautizado como Museo Tomás Medina Villarruel.